Выберите способ подтверждения через мета-тег. Полученный мета-тег вставьте в облась HEAD шаблона base.html
Например,
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
...
<meta name='yandex-verification' content='123456789abcdef' />
...
</head>
Для Google также возможен более удобный способ подтверждения через код счетчика Google Analytics. Для этого сначала разместите счетчик аналитики на сайте, а потом пройдите процедуру подтверждения.
Материалы по теме
Яндекс. Права на управление http://help.yandex.ru/webmaster/service/rights.xml
Google. Подтверждение сайта https://support.google.com/webmasters/answer/35179?hl=ru#35179